蔡元培主张的“思想自由，兼容并包”的思想使北大成为新文化运动的发祥地，为新民主主义革命的发生创造了条件，他的许多教育思想也都对后世产生了重大影响。
关于蔡元培的思想主张，其一是“五育”并举。蔡元培在1912年发表的《对于教育方针之意见》中，从“养成共和国民健全之人格”的观点出发，提出“五育”并举的教育思想：军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育皆近日之教育所不可偏废。
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其二是思想自由，兼容并包。蔡元培任北京大学校长时提出的“思想自由，兼容并包”的学术思想，他认为不同学派的并存，各种学术观点的自由讨论，使学生能够广泛地接触教员中不同学派的观点，不圆于一己之见、一家之说，令学生有自由选择的余地。这样能使学生兼听则明，有利于启发学生的思路，有利于培养学生的独立研究能力和探索真理的兴趣，提出自己的创见。
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其三是力倡“尚自然、展个性”。“尚自然、展个性”是蔡元培针对封建教育无视学生的特点，违反自然，压抑、禁铟、束缚个性而提出的教育主张。他说教育者应“深知儿童身心发达之程序，而择种种适当之方法以助之”。就像农家对待植物那样，“干则灌溉之，弱则支持之，畏寒则置之温室，需食则资以肥料”。
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最后是关于大学性质的探讨。蔡元培认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。他还提出，大学不能只是从事教学，还必须开展科学研究。
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