今天分享一个简单,谁都可以快速设计KASP引物的工具。该工具来源于如下图的文章,具体的文章内容,大家可以自己下载查看(文章可以在NCBI上免费下载)。作者将设计工具整合到xlsx中,只需要将突变位点信息和侧翼序列填入,点击开始,就可以完成引物的设计,如下图所示。会设计3条引物:Primer_X 和 Primer_Y: 等位基因特异性引物(等位基因特异引物),每条引物均带有一段21 bp的探针结合序列。Primer_C: 通用引物序列。
这个工具的使用十分简单方便,如下图,是我设计的,将位点信息和测序序列放入对应的表格处,点击Start按钮,引物就开始设计了。设计完成后,会弹窗。大家有需要的可以下载该文章,设计工具的表格获取方法,如下图下载附件2即可使用,这些都可以免费下载使用。对于具体的设计逻辑和代码设计过程的,可以阅读原文和附件1(User Manual for EasyKASP: KASP primer design)。对于引物设计工具的开发,或许内置于excel中是一个发展趋势,更方便使用,也没有障碍。但是参数的修改和升级,可能会比命令行麻烦一点。